とりあえずの対処としては……

PSA に書かれているように、ステルスモードを無効にする（デフォルトでは無効）、というのがとりあえずの対処となる。LAN 上で使用していて無効にできない場合には、POPFile がインストールされているマシンに外部からアクセスできないようにするのが次善の策かな。
今日これからテストして明日か明後日にはパッチ公開ということなので、それまでは上記方法で対処ということで。またなにか情報があれば随時更新の予定。

訳に変な部分などがあれば、フォーラムで返信していただくか、ここにコメントをお願いします。