不正な形式のメールをどう扱うべきか

POPFile の Open Discussion フォーラムに、POPFile の分類結果をあらわすヘッダが本文に追加されるという書き込みがあった。元のメールを送ってもらって内容を確認してみたところ、書かれているとおりメールヘッダとメール本文の間に空行が存在せず、本来は本文なのであろう部分をヘッダとして処理してしまっていることが判明した。POPFile はメールヘッダの最後に X-Text-Classification などのタグを追加するのだが、本文の一部もヘッダ扱いとなっているため、結果的に本文の中にヘッダを追加することになってしまう。
この場合でも X-Text-Classification は（メールの形式的には）ヘッダ部分になるはずなので、メールクライアントでの分類も問題なく行えるのではないかと思うのだが、どうやらうまくいっていないようだ。
しかし実際のところこういうメールはどう扱うのがよいのだろう。いくつか方法は思いつくが、いまいちピンとこない。例えば、ヘッダを追加する場所をメールヘッダの「最後」ではなくて「最初」にするとか、ヘッダとして不正な文字列を発見した場合はそこをヘッダと本文の区切りと見なすとか……？　最初というのはこれまでの動きと全く異なることになるし、Received ヘッダより前にヘッダを追加するというのはあまり筋がよいとは言えないと思う。ヘッダとして不正な文字列があったとしても、本当にたまたまヘッダの中にゴミが紛れ込んでいるだけなのかもしれないし。
また、こういう比較的まれだと思われるケースについてどこまで対応していくべきなのかという問題もある。スパマーに悪用されるということになれば考えていかなければならないが、このようなメールというのはどのくらい流通しているものなのだろう。
不正ヘッダを持つメールをどう扱うべきかについてのアイデアや、そういうメールがどのくらい存在しているかについての情報をお持ちの方はコメントいただけると助かります。