追記

Services/IMAP.pm、Proxy/NNTP.pm、Proxy/SMTP.pm、UI/XMLRPC.pm もインストールされる。が、デフォルトではこれらの機能は無効になっているので、使いたい場合は有効にする必要がある。詳細設定タブを開いて、imap_enabled などを 1 にして更新し、POPFile を再起動すれと有効になるので、その後、設定タブを開いて設定を行うという流れ。
Windows 版のインストーラでは、これらのファイルをインストールするかどうかが選択できるようになっているが、インストールしてあっても有効にしなければ働かないので、Mac 版では今の形でいいかなと思う。不要だからいらないという場合は、それぞれのファイルを手動で削除のこと（あってもディスク容量を消費する以外はほとんど無害だとは思うけど）。